Der oberste Geistliche in der Neuapostolischen Kirche ist der Stammapostel. Unter den Aposteln hat er eine herausgehobene Position. Begründen lässt sie sich biblisch: Auch Petrus hatte unter den urchristlichen Aposteln eine besondere Stellung. Der Stammapostel entscheidet in allen Glaubensfragen. Wurde er in früheren Jahrzehnten oft als patriarchalische Führungspersönlichkeit dargestellt, hat sich dieses Bild im Laufe der vergangenen Jahrzehnte gewandelt. Heutzutage betont die Kirche, dass über wichtige Entscheidungen oft lange im Kreis der Bezirksapostel mit dem Stammapostel diskutiert und um den richtigen Weg gerungen wird – nicht anders, als es die Bibel auch von den ersten Aposteln berichtet. Damit hat der Stammapostel zwar das letzte Wort, Führung wird aber als Gemeinschaftsaufgabe gesehen. „Zusammen mit den Aposteln leitet der Stammapostel die Kirche“, heißt es dazu im Katechismus. Die Bezirksapostelversammlung (BAV) ist das zentrale Beschlussgremium.
Seit 2013 ist Jean-Luc Schneider Stammapostel. Sein Dienstsitz ist die Neuapostolische Kirche International in Zürich (Schweiz). Jean-Luc Schneider ist der neunte Stammapostel seit Gründung der Kirche.